イラストレーターのリンクを相対パスでテキストに保存しておくといいかも

と思いさっそくスクリプトを書いてみた。
これでいいのかな？
どう料理するかはまだ考えてません。

• 相対パス情報を元にリンク復元を試みる
• 相対パス情報と照らし合わせてリンクが差し変わってないか調べる

とか。
個人的には画像フォルダ１つ作って全ての画像をつっこむ系。

var p = {
'getRelativePath' : function(PL){
	var RelativePath = "";
	var AbsolutePath= PL.file.toString();
	var doc_path = app.activeDocument.path;
	var doc_path_split = doc_path.toString().split ("/");
	var level = "";
	var result = "";
	while(D = doc_path_split.pop()){
		RelativePath = AbsolutePath.replace (doc_path_split.join ("/")+"/"+D+"/", "");
		if(RelativePath !== AbsolutePath){
				return level+RelativePath;
		}else{
		level = level + "../";
		}
	}
	return false;
}
}

var ImagePath = [];
var P = app.activeDocument.placedItems;
//$.writeln(P);
for(var i = 0; i < P.length; i++){
	ImagePath[i] = {
		'absolute' : P[i].file.toString(), 
		'relative' : p.getRelativePath(P[i])
		}
}